FUNDAMIND se encuentra organizada a través de distintas áreas de trabajo, desde las que se ejecutan y desarrollan distintos programas y proyectos. Cada área tiene un coordinador general, que junto a la presidencia ejecutiva, conforman el equipo de conducción de FUNDAMIND. A su vez, este equipo de conducción, reporta directamente al Consejo de Administración de FUNDAMIND.

Cada área de trabajo tiene una misión y un equipo de trabajo, que hacen posible con su aporte y compromiso solidario, el sostenimiento de las distintas acciones –a nivel local, nacional e internacional-, llegando de manera directa a los chicos, jóvenes y sus familias más afectados por la situación de pobreza, exclusión, discapacidad y VIH/sida.